Core sequences for the primer sets (with selective nucleotides shown as N)
EcoRI 5'-GACTGCGTACCAATTCNNN-3' |
MseI 5'-GATGAGTCCTGAGTAANNN-3' |
PstI 5'-GACTGCGTACATGCAGNNN-3'
|
Click here to see a flowchart of the AFLP protocol from KeyGene.
References
Primers +1 ¦A-3 E01 ¦C-3 E02 ¦G-3 E03 ¦T-3 E04 Primers +2 ¦AA-3 E11 ¦AC-3 E12 ¦AG-3 E13 ¦AT-3 E14 ¦CA-3 E15 ¦CC-3 E16 ¦CG-3 E17 ¦CT-3 E18 ¦GA-3 E19 ¦GC-3 E20 ¦GG-3 E21 ¦GT-3 E22 ¦TA-3 E23 ¦TC-3 E24 ¦TG-3 E25 ¦TT-3 E26 Primers +3 ¦AAA-3 E31 ¦AAC-3 E32 ¦AAG-3 E33 ¦AAT-3 E34 ¦ACA-3 E35 ¦ACC-3 E36 ¦ACG-3 E37 ¦ACT-3 E38 ¦AGA-3 E39 ¦AGC-3 E40 ¦AGG-3 E41 ¦AGT-3 E42 ¦ATA-3 E43 ¦ATC-3 E44 ¦ATG-3 E45 ¦ATT-3 E46 ¦CAA-3 E47 ¦CAC-3 E48 ¦CAG-3 E49 ¦CAT-3 E50 ¦CCA-3 E51 ¦CCC-3 E52 ¦CCG-3 E53 ¦CCT-3 E54 ¦CGA-3 E55 ¦CGC-3 E56 ¦CGG-3 E57 ¦CGT-3 E58 ¦CTA-3 E59 ¦CTC-3 E60 ¦CTG-3 E61 ¦CTT-3 E62 ¦GAA-3 E63 ¦GAC-3 E64 ¦GAG-3 E65 ¦GAT-3 E66 ¦GCA-3 E67 ¦GCC-3 E68 ¦GCG-3 E69 ¦GCT-3 E70 ¦GGA-3 E71 ¦GGC-3 E72 ¦GGG-3 E73 ¦GGT-3 E74 ¦GTA-3 E75 ¦GTC-3 E76 ¦GTG-3 E77 ¦GTT-3 E78 ¦TAA-3 E79 ¦TAC-3 E80 ¦TAG-3 E81 ¦TAT-3 E82 ¦TCA-3 E83 ¦TCC-3 E84 ¦TCG-3 E85 ¦TCT-3 E86 ¦TGA-3 E87 ¦TGC-3 E88 ¦TGG-3 E89 ¦TGT-3 E90 ¦TTA-3 E91 ¦TTC-3 E92 ¦TTG-3 E93 ¦TTT-3 E94
Primers +1 ¦A-3 M01 ¦C-3 M02 ¦G-3 M03 ¦T-3 M04 MseI+2: ¦AA-3 M11 ¦AC-3 M12 ¦AG-3 M13 ¦AT-3 M14 ¦CA-3 M15 ¦CC-3 M16 ¦CG-3 M17 ¦CT-3 M18 ¦GA-3 M19 ¦GC-3 M20 ¦GG-3 M21 ¦GT-3 M22 ¦TA-3 M23 ¦TC-3 M24 ¦TG-3 M25 ¦TT-3 M26 MseI+3: ¦AAA-3 M31 ¦AAC-3 M32 ¦AAG-3 M33 ¦AAT-3 M34 ¦ACA-3 M35 ¦ACC-3 M36 ¦ACG-3 M37 ¦ACT-3 M38 ¦AGA-3 M39 ¦AGC-3 M40 ¦AGG-3 M41 ¦AGT-3 M42 ¦ATA-3 M43 ¦ATC-3 M44 ¦ATG-3 M45 ¦ATT-3 M46 ¦CAA-3 M47 ¦CAC-3 M48 ¦CAG-3 M49 ¦CAT-3 M50 ¦CCA-3 M51 ¦CCC-3 M52 ¦CCG-3 M53 ¦CCT-3 M54 ¦CGA-3 M55 ¦CGC-3 M56 ¦CGG-3 M57 ¦CGT-3 M58 ¦CTA-3 M59 ¦CTC-3 M60 ¦CTG-3 M61 ¦CTT-3 M62 ¦GAA-3 M63 ¦GAC-3 M64 ¦GAG-3 M65 ¦GAT-3 M66 ¦GCA-3 M67 ¦GCC-3 M68 ¦GCG-3 M69 ¦GCT-3 M70 ¦GGA-3 M71 ¦GGC-3 M72 ¦GGG-3 M73 ¦GGT-3 M74 ¦GTA-3 M75 ¦GTC-3 M76 ¦GTG-3 M77 ¦GTT-3 M78 ¦TAA-3 M79 ¦TAC-3 M80 ¦TAG-3 M81 ¦TAT-3 M82 ¦TCA-3 M83 ¦TCC-3 M84 ¦TCG-3 M85 ¦TCT-3 M86 ¦TGA-3 M87 ¦TGC-3 M88 ¦TGG-3 M89 ¦TGT-3 M90 ¦TTA-3 M91 ¦TTC-3 M92 ¦TTG-3 M93 ¦TTT-3 M94
PstI +1 ¦A :P01 ¦C :P02 ¦G :P03 ¦T :P04 PstI +2 ¦AA :P11 ¦AC :P12 ¦AG :P13 ¦AT :P14 ¦CA :P15 ¦CC :P16 ¦CG :P17 ¦CT :P18 ¦GA :P19¦ S01 ¦GC :P20¦ S02 Sse+1 ¦GG :P21¦ S03 ¦GT :P22¦ S04 ¦TA :P23 ¦TC :P24 ¦TG :P25 ¦TT :P26 PstI+3: ¦AAA :P31 ¦AAC :P32 ¦AAG :P33 ¦AAT :P34 ¦ACA :P35 ¦ACC :P36 ¦ACG :P37 ¦ACT :P38 ¦AGA :P39 ¦AGC :P40 ¦AGG :P41 ¦AGT :P42 ¦ATA :P43 ¦ATC :P44 ¦ATG :P45 ¦ATT :P46 ¦CAA :P47 ¦CAC :P48 ¦CAG :P49 ¦CAT :P50 ¦CCA :P51 ¦CCC :P52 ¦CCG :P53 ¦CCT :P54 ¦CGA :P55 ¦CGC :P56 ¦CGG :P57 ¦CGT :P58 ¦CTA :P59 ¦CTC :P60 ¦CTG :P61 ¦CTT :P62 ¦GAA :P63¦ S11 ¦GAC :P64¦ S12 ¦GAG :P65¦ S13 ¦GAT :P66¦ S14 ¦GCA :P67¦ S15 ¦GCC :P68¦ S16 ¦GCG :P69¦ S17 ¦GCT :P70¦ S18 Sse+2 ¦GGA :P71¦ S19 ¦GGC :P72¦ S20 ¦GGG :P73¦ S21 ¦GGT :P74¦ S22 ¦GTA :P75¦ S23 ¦GTC :P76¦ S24 ¦GTG :P77¦ S25 ¦GTT :P78¦ S26 ¦TAA :P79 ¦TAC :P80 ¦TAG :P81 ¦TAT :P82 ¦TCA :P83 ¦TCC :P84 ¦TCG :P85 ¦TCT :P86 ¦TGA :P87 ¦TGC :P88 ¦TGG :P89 ¦TGT :P90 ¦TTA :P91 ¦TTC :P92 ¦TTG :P93 ¦TTT :P94 PstI+4/ ¦GACC ¦ S36 SseI+3 ¦GACG ¦ S37 ¦GACT ¦ S38 ¦GAGC ¦ S40 ¦GAGG ¦ S41 ¦GCAA ¦ S47 ¦GCAT ¦ S50 ¦GGTA ¦ S75 ¦GGTC ¦ S76 ¦GGTG ¦ S77 ¦GGTT ¦ S78 ¦GTGA ¦ S87 ¦GTGC ¦ S88 SseI+3 ¦GTGG ¦ S89 ¦GTGT ¦ S90 ¦GAAC ¦ S32 ¦GAAG ¦ S33 ¦GACA ¦ S35 ¦GAGA ¦ S39 ¦GCAC ¦ S48 ¦GCAG ¦ S49 ¦GGAC ¦ S64 ¦GGAG ¦ S65