Query (optional)   in Class  

GrainGenes Reference Report: GGG-5-449

[Submit comment/correction]

Reference
GGG-5-449
Title
A Genome-Wide Association Study of Resistance to Stripe Rust (Puccinia striiformis f. sp. tritici) in a Worldwide Collection of Hexaploid Spring Wheat (Triticum aestivum L.)
Journal
G3: Genes, Genomes, Genetics
Year
2015
Volume
5
Pages
449-465
Author
Maccaferri M
[ Show all 10 ]
Abstract
New races of Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), the causal pathogen of wheat stripe rust, show high virulence to previously deployed resistance genes and are responsible for large yield losses worldwide. To identify new sources of resistance we performed a genome-wide association study (GWAS) using a worldwide collection of 1000 spring wheat accessions. Adult plants were evaluated under field conditions in six environments in the western United States, and seedlings were tested with four Pst races. A single-nucleotide polymorphism (SNP) Infinium 9K-assay provided 4585 SNPs suitable for GWAS. High correlations among environments and high heritabilities were observed for stripe rust infection type and severity. Greater levels of Pst resistance were observed in a subpopulation from Southern Asia than in other groups. GWAS identified 97 loci that were significant for at least three environments, including 10 with an experiment-wise adjusted Bonferroni probability < 0.10. These 10 quantitative trait loci (QTL) explained 15% of the phenotypic variation in infection type, a percentage that increased to 45% when all QTL were considered. Three of these 10 QTL were mapped far from previously identified Pst resistance genes and QTL, and likely represent new resistance loci. The other seven QTL mapped close to known resistance genes and allelism tests will be required to test their relationships. In summary, this study provides an integrated view of stripe rust resistance resources in spring wheat and identifies new resistance loci that will be useful to diversify the current set of resistance genes deployed to control this devastating disease.
External Databases
http://doi.org/10.1534/g3.114.014563
Gene
Yr78 (Triticum)
Germplasm
CItr12691
[ Show all 875 ]
Locus
[ Hide all but 1 of 1041 ]
cos1Hb
SBG_100232
SBG_100299
SBG_100367
SBG_100432
SBG_100573
SBG_100694
SBG_100700
SBG_101016
SBG_101224
SBG_101325
SBG_101409
SBG_101509
SBG_101514
SBG_101578
SBG_101772
SBG_101989
SBG_102171
SBG_102257
SBG_102302
SBG_102361
SBG_102416
SBG_102922
SBG_10299
SBG_103114
SBG_103160
SBG_103195
SBG_10350
SBG_103568
SBG_10358
SBG_103640
SBG_103716
SBG_103769
SBG_104132
SBG_104188
SBG_1042
SBG_104251
SBG_104345
SBG_10448
SBG_104506
SBG_105066
SBG_105085
SBG_105111
SBG_105214
SBG_105236
SBG_105308
SBG_105634
SBG_105746
SBG_105885
SBG_105957
SBG_105985
SBG_106244
SBG_106574
SBG_106730
SBG_10676
SBG_107025
SBG_107166
SBG_107195
SBG_107337
SBG_10737
SBG_10742
SBG_107473
SBG_107626
SBG_107971
SBG_108225
SBG_108270
SBG_108304
SBG_108428
SBG_108501
SBG_108674
SBG_108851
SBG_108942
SBG_108950
SBG_108956
SBG_10927
SBG_109299
SBG_109307
SBG_109528
SBG_109559
SBG_109663
SBG_109669
SBG_109782
SBG_109790
SBG_109908
SBG_109972
SBG_110088
SBG_110150
SBG_110304
SBG_110424
SBG_110454
SBG_110522
SBG_110587
SBG_110654
SBG_110788
SBG_110850
SBG_110974
SBG_110997
SBG_111024
SBG_111135
SBG_111333
SBG_111512
SBG_111979
SBG_111992
SBG_112043
SBG_112202
SBG_112259
SBG_112777
SBG_113069
SBG_113110
SBG_113206
SBG_113217
SBG_113249
SBG_113323
SBG_113366
SBG_113601
SBG_113634
SBG_113878
SBG_114128
SBG_114262
SBG_114287
SBG_114373
SBG_114403
SBG_114426
SBG_114521
SBG_114802
SBG_114849
SBG_114956
SBG_115053
SBG_115387
SBG_115405
SBG_115573
SBG_115767
SBG_115782
SBG_115919
SBG_11610
SBG_116219
SBG_116252
SBG_116288
SBG_116360
SBG_116368
SBG_116512
SBG_116547
SBG_116555
SBG_116710
SBG_116766
SBG_116771
SBG_116800
SBG_116810
SBG_116976
SBG_117188
SBG_117191
SBG_117464
SBG_117609
SBG_117642
SBG_117729
SBG_117777
SBG_117827
SBG_118004
SBG_118011
SBG_118200
SBG_118278
SBG_118357
SBG_118461
SBG_118509
SBG_118566
SBG_118811
SBG_118865
SBG_11928
SBG_119433
SBG_119593
SBG_119963
SBG_120058
SBG_120141
SBG_120264
SBG_120391
SBG_120501
SBG_120633
SBG_120660
SBG_12071
SBG_120737
SBG_120783
SBG_121016
SBG_12103
SBG_121215
SBG_121270
SBG_121321
SBG_121555
SBG_121706
SBG_121838
SBG_121850
SBG_121888
SBG_12191
SBG_121950
SBG_121998
SBG_122046
SBG_122152
SBG_122266
SBG_122453
SBG_122528
SBG_122540
SBG_122543
SBG_12277
SBG_122778
SBG_122867
SBG_123008
SBG_123322
SBG_123634
SBG_123644
SBG_123879
SBG_124175
SBG_124266
SBG_124316
SBG_124456
SBG_124479
SBG_124596
SBG_124605
SBG_124776
SBG_125077
SBG_125185
SBG_125438
SBG_125553
SBG_125624
SBG_12571
SBG_125757
SBG_125769
SBG_125810
SBG_125905
SBG_126137
SBG_126249
SBG_126373
SBG_126536
SBG_126690
SBG_127025
SBG_127144
SBG_127575
SBG_127671
SBG_12783
SBG_127892
SBG_128015
SBG_128050
SBG_128138
SBG_128368
SBG_128496
SBG_128732
SBG_128917
SBG_12901
SBG_129031
SBG_12923
SBG_129330
SBG_129602
SBG_129620
SBG_129665
SBG_129722
SBG_129768
SBG_129864
SBG_129924
SBG_130031
SBG_130114
SBG_130245
SBG_130348
SBG_130654
SBG_130827
SBG_130853
SBG_131011
SBG_131163
SBG_131359
SBG_131563
SBG_131628
SBG_131654
SBG_131737
SBG_131818
SBG_131943
SBG_132170
SBG_132230
SBG_132505
SBG_132528
SBG_132572
SBG_132657
SBG_132785
SBG_132864
SBG_13331
SBG_133320
SBG_133587
SBG_133816
SBG_133859
SBG_134205
SBG_134219
SBG_134552
SBG_134697
SBG_134906
SBG_134933
SBG_13497
SBG_135017
SBG_135246
SBG_135392
SBG_135652
SBG_135673
SBG_135833
SBG_135891
SBG_135937
SBG_136221
SBG_136521
SBG_136638
SBG_136704
SBG_136781
SBG_1369
SBG_137003
SBG_137140
SBG_137325
SBG_137466
SBG_137513
SBG_137576
SBG_137734
SBG_1378
SBG_137859
SBG_138112
SBG_138314
SBG_138335
SBG_138438
SBG_13864
SBG_138642
SBG_138658
SBG_138668
SBG_138739
SBG_138779
SBG_138819
SBG_138893
SBG_139186
SBG_139242
SBG_139325
SBG_139352
SBG_139433
SBG_139771
SBG_139982
SBG_1400
SBG_140004
SBG_140340
SBG_140343
SBG_140957
SBG_141016
SBG_141157
SBG_141325
SBG_141384
SBG_14148
SBG_141710
SBG_141715
SBG_141754
SBG_141826
SBG_141829
SBG_142040
SBG_142202
SBG_142223
SBG_142247
SBG_142278
SBG_142704
SBG_142921
SBG_143095
SBG_143241
SBG_143269
SBG_143292
SBG_143320
SBG_143478
SBG_143904
SBG_143982
SBG_1442
SBG_144210
SBG_14433
SBG_144359
SBG_144556
SBG_144642
SBG_144650
SBG_144659
SBG_144686
SBG_144806
SBG_144851
SBG_144910
SBG_144926
SBG_145081
SBG_145194
SBG_145229
SBG_145442
SBG_145540
SBG_145637
SBG_145785
SBG_146025
SBG_146044
SBG_146058
SBG_1467
SBG_146730
SBG_147135
SBG_147366
SBG_147556
SBG_147873
SBG_148211
SBG_148284
SBG_148294
SBG_148507
SBG_148646
SBG_149140
SBG_149225
SBG_149230
SBG_149304
SBG_149664
SBG_149787
SBG_149839
SBG_149891
SBG_150047
SBG_150163
SBG_150751
SBG_151003
SBG_151248
SBG_151259
SBG_151419
SBG_151610
SBG_151630
SBG_151974
SBG_152060
SBG_152594
SBG_152746
SBG_152783
SBG_153112
SBG_153423
SBG_153432
SBG_153576
SBG_153638
SBG_153740
SBG_153896
SBG_154051
SBG_154132
SBG_154166
SBG_154190
SBG_154403
SBG_154488
SBG_154607
SBG_154753
SBG_154832
SBG_154968
SBG_15497
SBG_155051
SBG_155121
SBG_155177
SBG_155232
SBG_155342
SBG_155590
SBG_155656
SBG_155732
SBG_155809
SBG_155884
SBG_155998
SBG_156072
SBG_156149
SBG_156219
SBG_156229
SBG_156407
SBG_156522
SBG_156866
SBG_157232
SBG_1573
SBG_157368
SBG_157494
SBG_157495
SBG_157518
SBG_157551
SBG_157589
SBG_157668
SBG_157852
SBG_157855
SBG_157861
SBG_158194
SBG_158252
SBG_158461
SBG_158636
SBG_158698
SBG_158748
SBG_158749
SBG_159102
SBG_159763
SBG_159765
SBG_159852
SBG_159951
SBG_160117
SBG_160389
SBG_160439
SBG_160482
SBG_16054
SBG_160850
SBG_161642
SBG_162034
SBG_162039
SBG_162127
SBG_162365
SBG_162448
SBG_162668
SBG_162782
SBG_162893
SBG_163054
SBG_163098
SBG_163235
SBG_163288
SBG_163370
SBG_163603
SBG_163677
SBG_163870
SBG_164030
SBG_164172
SBG_164222
SBG_164266
SBG_164305
SBG_164416
SBG_16449
SBG_164491
SBG_164626
SBG_164636
SBG_164734
SBG_164850
SBG_164870
SBG_165009
SBG_165039
SBG_165121
SBG_165387
SBG_16561
SBG_165718
SBG_165920
SBG_166068
SBG_166185
SBG_166253
SBG_166274
SBG_166416
SBG_166600
SBG_166981
SBG_167063
SBG_167413
SBG_167489
SBG_167781
SBG_167922
SBG_167933
SBG_167966
SBG_168143
SBG_168328
SBG_168356
SBG_168359
SBG_168377
SBG_168791
SBG_168806
SBG_168829
SBG_168896
SBG_169267
SBG_169281
SBG_169319
SBG_169531
SBG_169636
SBG_169798
SBG_169866
SBG_169965
SBG_169985
SBG_17031
SBG_170367
SBG_170371
SBG_170427
SBG_170560
SBG_170612
SBG_170944
SBG_170997
SBG_171006
SBG_171301
SBG_171482
SBG_171506
SBG_171602
SBG_17164
SBG_171876
SBG_171931
SBG_172038
SBG_172064
SBG_172110
SBG_172174
SBG_172400
SBG_172408
SBG_172453
SBG_173107
SBG_173217
SBG_173316
SBG_173782
SBG_174015
SBG_174201
SBG_174212
SBG_174223
SBG_174265
SBG_17429
SBG_174465
SBG_174531
SBG_174553
SBG_174607
SBG_174609
SBG_174807
SBG_175137
SBG_175258
SBG_175377
SBG_175565
SBG_175818
SBG_176112
SBG_176455
SBG_176459
SBG_176479
SBG_176594
SBG_176874
SBG_176882
SBG_177282
SBG_177315
SBG_177483
SBG_177527
SBG_177590
SBG_177633
SBG_177885
SBG_17791
SBG_177926
SBG_178011
SBG_178418
SBG_178548
SBG_178681
SBG_178777
SBG_178850
SBG_178960
SBG_179050
SBG_179052
SBG_179108
SBG_179555
SBG_179575
SBG_179821
SBG_179863
SBG_179882
SBG_180100
SBG_180115
SBG_180134
SBG_180224
SBG_180348
SBG_180413
SBG_180591
SBG_180662
SBG_1809
SBG_181151
SBG_181268
SBG_181303
SBG_181310
SBG_181314
SBG_181353
SBG_181507
SBG_181588
SBG_181692
SBG_181793
SBG_181940
SBG_182053
SBG_182378
SBG_182520
SBG_18282
SBG_183232
SBG_183328
SBG_183429
SBG_183662
SBG_183826
SBG_183904
SBG_184032
SBG_184082
SBG_184444
SBG_184481
SBG_184666
SBG_184746
SBG_184794
SBG_185070
SBG_185115
SBG_18521
SBG_18538
SBG_185442
SBG_185567
SBG_18572
SBG_186013
SBG_186566
SBG_186685
SBG_186691
SBG_186716
SBG_186741
SBG_186806
SBG_186868
SBG_186918
SBG_187064
SBG_187181
SBG_187185
SBG_187300
SBG_187385
SBG_187492
SBG_187568
SBG_187576
SBG_187600
SBG_187625
SBG_187778
SBG_187955
SBG_188017
SBG_188569
SBG_188626
SBG_188710
SBG_188726
SBG_188821
SBG_188844
SBG_1890
SBG_189248
SBG_189445
SBG_189621
SBG_1897
SBG_189795
SBG_189823
SBG_190211
SBG_190568
SBG_190590
SBG_190604
SBG_190739
SBG_190750
SBG_191075
SBG_191095
SBG_191622
SBG_191760
SBG_191771
SBG_192099
SBG_192148
SBG_192343
SBG_192345
SBG_192385
SBG_192490
SBG_192605
SBG_192637
SBG_192726
SBG_192873
SBG_193016
SBG_193051
SBG_193086
SBG_193428
SBG_1935
SBG_193510
SBG_193668
SBG_193673
SBG_193708
SBG_194122
SBG_194142
SBG_194463
SBG_194474
SBG_194962
SBG_195118
SBG_195314
SBG_195318
SBG_195873
SBG_196024
SBG_197053
SBG_197399
SBG_20178
SBG_20327
SBG_2041
SBG_2086
SBG_21589
SBG_21726
SBG_22639
SBG_22840
SBG_22995
SBG_2523
SBG_2527
SBG_2551
SBG_25514
SBG_25637
SBG_2608
SBG_26357
SBG_26424
SBG_2644
SBG_2690
SBG_27062
SBG_27115
SBG_2742
SBG_2800
SBG_28302
SBG_28900
SBG_2906
SBG_2969
SBG_2978
SBG_30611
SBG_30615
SBG_3088
SBG_33051
SBG_33604
SBG_3392
SBG_3476
SBG_3525
SBG_3542
SBG_35512
SBG_3574
SBG_3626
SBG_3685
SBG_36860
SBG_37309
SBG_3771
SBG_4052
SBG_41309
SBG_41867
SBG_4236
SBG_4243
SBG_4244
SBG_4615
SBG_4687
SBG_4741
SBG_48262
SBG_4836
SBG_4881
SBG_49586
SBG_50784
SBG_50847
SBG_51695
SBG_5172
SBG_51885
SBG_5196
SBG_52452
SBG_5253
SBG_5297
SBG_5305
SBG_53550
SBG_5384
SBG_5588
SBG_5697
SBG_57327
SBG_57487
SBG_5839
SBG_58903
SBG_59197
SBG_60205
SBG_60569
SBG_61576
SBG_6178
SBG_6182
SBG_6303
SBG_63120
SBG_6340
SBG_64173
SBG_65124
SBG_65591
SBG_6643
SBG_66520
SBG_67122
SBG_67392
SBG_67394
SBG_67397
SBG_67513
SBG_67519
SBG_67549
SBG_68513
SBG_6881
SBG_68950
SBG_69159
SBG_69333
SBG_6952
SBG_69721
SBG_69853
SBG_69856
SBG_69928
SBG_70043
SBG_70118
SBG_70486
SBG_70559
SBG_70578
SBG_7070
SBG_71001
SBG_71524
SBG_71668
SBG_71747
SBG_71993
SBG_72052
SBG_72540
SBG_72858
SBG_7321
SBG_7341
SBG_73453
SBG_7358
SBG_73640
SBG_73738
SBG_74019
SBG_74271
SBG_74533
SBG_7454
SBG_74732
SBG_75415
SBG_7632
SBG_76558
SBG_76573
SBG_76588
SBG_77062
SBG_77317
SBG_77359
SBG_77578
SBG_7828
SBG_78350
SBG_78624
SBG_78655
SBG_79280
SBG_7960
SBG_79614
SBG_79630
SBG_79933
SBG_80052
SBG_80067
SBG_80237
SBG_80354
SBG_80388
SBG_8095
SBG_81074
SBG_81375
SBG_81486
SBG_816
SBG_81635
SBG_81638
SBG_81691
SBG_8223
SBG_83032
SBG_83237
SBG_83686
SBG_84895
SBG_85582
SBG_85693
SBG_85746
SBG_86088
SBG_86124
SBG_86356
SBG_86453
SBG_8648
SBG_86596
SBG_86680
SBG_8673
SBG_86759
SBG_87039
SBG_87105
SBG_87168
SBG_87306
SBG_87414
SBG_87606
SBG_87690
SBG_88057
SBG_88068
SBG_88098
SBG_88102
SBG_88221
SBG_88224
SBG_88262
SBG_88473
SBG_88923
SBG_89095
SBG_89397
SBG_8948
SBG_89513
SBG_89520
SBG_89571
SBG_89577
SBG_89675
SBG_89726
SBG_89773
SBG_89794
SBG_9001
SBG_90114
SBG_90262
SBG_90280
SBG_90508
SBG_90791
SBG_90891
SBG_90905
SBG_9103
SBG_91121
SBG_91166
SBG_9136
SBG_91384
SBG_91504
SBG_91663
SBG_92133
SBG_92240
SBG_92297
SBG_92431
SBG_92492
SBG_92624
SBG_92627
SBG_92740
SBG_92818
SBG_92854
SBG_93058
SBG_9376
SBG_93934
SBG_94135
SBG_94680
SBG_94754
SBG_94790
SBG_94882
SBG_95061
SBG_95292
SBG_95371
SBG_95390
SBG_95618
SBG_95711
SBG_95878
SBG_96071
SBG_96172
SBG_96317
SBG_96338
SBG_96402
SBG_96437
SBG_96460
SBG_96521
SBG_96665
SBG_96889
SBG_96899
SBG_97142
SBG_97177
SBG_97521
SBG_97583
SBG_97791
SBG_97855
SBG_98016
SBG_98037
SBG_98085
SBG_98094
SBG_98253
SBG_98344
SBG_98376
SBG_98452
SBG_98453
SBG_9849
SBG_98578
SBG_98706
SBG_98961
SBG_99055
SBG_99065
SBG_992
SBG_99311
SBG_99447
SBG_99579
SBG_9960
SBG_9965
SBG_99820
SBG_99995
SNPPMOp1138764/28
SNPPMOp1286622/25
SNPPMOp1293165/14
SNPPMOp157615/40
Map Data
Wheat, Yr genes and QTL
Wheat, Yr Update, 2021
QTL
QYr.ucw-1B
[ Show all 82 ]
Keyword
association mapping
bread wheat
disease resistance
genetic map
yellow rust

GrainGenes is a product of the Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture.